盡管光榮宣布《忍者龍劍傳 大師合集》收錄了《忍者龍劍傳 Σ》、《忍者龍劍傳 Σ2》、《忍者龍劍傳3：刀鋒邊緣》三部曲，包含了歷代作品的所有游戲模式及服裝，但實際上官方還是有一些刪減內容的。從此前制作人透露的細節，《忍龍大師合集》刪減了多人模式內容，并除去了“乳搖”功能。
首先，光榮特庫摩和Team Ninja此前已經確認《忍者龍劍傳∑2》中的“Tag Missions”將不支持在線多人模式。“Tag Missions”是一個任務模式，玩家們可以在游戲中選擇兩名角色，并在戰斗中隨時切換操作使用，借此來攻略任務關卡。
由于這個模式中不乏許多難以過關的高難度任務，因此玩家們可以利用就算體力歸零也一樣可以自動復活的「Practice Mode」練習模式來熟悉任務的攻略操作。
其次，制作團隊刪減了《忍者龍劍傳3：刀鋒邊緣》“世界之影”(《忍龍3》的多人連線模式)中的“幫派對戰(Clan Battle)”，以及“忍者試煉(Ninja Trials)”中的在線多人模式。在“幫派對戰”中，玩家可以從兩種主要的武器中選擇，然后彼此對抗。而在“忍者試煉”中，玩家可以一起合作來完成很多任務。
最后，《忍者龍劍傳：大師合集》也不支持原版乳搖功能。
